Działy i Pracownie Muzeum

• Pracownia Paleolitu i Mezolitu
• Dział Epoki Neolitu
• Dział Epoki Brązu i Wczesnej Epoki Żelaza
• Dział Epoki Żelaza
• Dział Archeologii Bałtów
• Dział Wczesnego Średniowiecza i Archeologii Czasów Nowożytnych
• Gabinet Numizmatyczny
• Pracownia Antropologiczna
• Zespół Zarządzania Informacją Muzealną (Główny Inwentaryzator)
• Pracownia Dokumentacji Naukowej
• Pracownia Inwentaryzacji i Ruchu Muzealiów
• Pracownia Dokumentacji Wizualnej Muzealiów
• Dział Konserwacji Muzealiów (Główny Konserwator)
• Biblioteka
• Dział Wystaw i Popularyzacji
• Stanowisko ds Promocji
• Ośrodek Magazynowo-Studyjny w Rybnie